A vegetação local é a Floresta Ombrófila Densa da Encosta Atlântica, com formações Montana e Alto-Montana. Na área situa-se um dos poucos relictos de Araucaria angustifolia (Pinheiro brasileiro), de ocorrência esparsa dentro da Floresta Ombrófila Densa.

A RPPN do Caraguatá inclui toda a Serra do Macaco Branco que, de acordo com o Botânico Dr. Roberto Klein, é o local onde a araucária (Araucaria angustifolia) cresce mais perto do litoral brasileiro.

Outros exemplos de espécies da flora são o Palmito (Euterpe edulis), a Canela Preta (Ocotea catharinensis), o Xaxim (Dicksonia sellowiana), Orquidáceas e Bromeliáceas.