A mata atlântica da RPPN do Caraguatá é composta por Floresta Ombrófila Densa em maior extensão e Floresta Ombrófila Mista. As áreas que tinham sido explorados ( desmatamento e pastagens) antes de 1990, hoje encontram-se em plena recuperação natural.
Flora
[img src=http://www.caraguata.com.br/wp-content/flagallery/flora/thumbs/thumbs_araucaria-rppn-caraguata.jpg]Araucaria
[img src=http://www.caraguata.com.br/wp-content/flagallery/flora/thumbs/thumbs_araucarias-rppn-caraguata.jpg]Araucarias
[img src=http://www.caraguata.com.br/wp-content/flagallery/flora/thumbs/thumbs_heliconia-rppn-caraguata.jpg]Heliconia
[img src=http://www.caraguata.com.br/wp-content/flagallery/flora/thumbs/thumbs_palmito-doce-rppn-caraguata.jpg]Palmito doce
[img src=http://www.caraguata.com.br/wp-content/flagallery/flora/thumbs/thumbs_panoramica-rppn-caraguata.jpg]Panorâmica
[img src=http://www.caraguata.com.br/wp-content/flagallery/flora/thumbs/thumbs_xaxim-rppn-caraguata.jpg]Xaxim
Os pequenos trechos de florestas exóticas de Pinus SP foram retirados da reserva por serem espécies exóticas contaminantes.
Em áreas indicadas estão sendo aplicados programas de restauração e conservação da população de Araucária angustifólia.
Dentre as espécies ameaçadas de extinção presentes na reserva pode-se citar a a araucária( Araucária angustifólia) o palmito doce (Euterpe edulis), o xaxim(Dicksonia sellowiana) e a canela preta(Ocotea catharinensis).